Σε ορισμένες περιπτώσεις κάποιες συμπεριφορές των στρατιωτικών μπορεί να αποτελέσουν πειθαρχικό παράπτωμα. Σύμφωνα με τον Στρατιωτικό Κανονισμό πειθαρχικά παραπτώματα είναι οι πράξεις που τιμωρούνται με πειθαρχικές ποινές. Στην έννοια του όρου πράξη περιλαμβάνεται και η παράλειψη οφειλόμενης ενέργειας.
Κάθε ανώτερος πρέπει να επιδιώκει με κάθε μέσο την πρόληψη διάπραξης παραπτωμάτων, ωστόσο όταν είναι αναγκασμένος να τιμωρήσει, εξετάζει και δέχεται κάθε ελαφρυντικό, όταν αυτό έχει βάσιμη δικαιολογία. Τα πειθαρχικά παραπτώματα τιμωρούνται με πειθαρχικές ποινές. Η πειθαρχική ποινή είναι αποτελεσματική και δίκαιη μόνο όταν προσαρμόζεται σε κάθε ειδική περίπτωση. Έτσι, οι πειθαρχικές ποινές που επιβάλλονται πρέπει να είναι ανάλογες όχι μόνο στα παραπτώματα αλλά και στη συνηθισμένη διαγωγή, το χαρακτήρα, το χρόνο υπηρεσίας και το βαθμό νοημοσύνης του παραβάτη.
Δικαίωμα να επιβάλλουν πειθαρχικές ποινές στους υφιστάμενους τους είναι οι αξιωματικοί, οι ανθυπασπιστές και οι υπαξιωματικοί. Σε ορισμένες ειδικές περιπτώσεις δίνεται σε αξιωματικούς το δικαίωμα να επιβάλλουν πειθαρχικές ποινές και σε κατώτερους τους στρατιωτικούς, που δεν υπάγονται στη διοίκηση τους, για να διευκολυνθεί η εκπλήρωση της αποστολής τους. Το δικαίωμα αυτό να επιβάλλουν ποινές ονομάζεται πειθαρχική δικαιοδοσία. Η πειθαρχική δικαιοδοσία ασκείται σε οποιοδήποτε χρόνο και τόπο.
Όσον αφορά τα είδη των πειθαρχικών ποινών, αυτές διακρίνονται σε συνηθισμένες και καταστατικές. Οι συνηθισμένες πειθαρχικές ποινές που επιβάλλονται στους αξιωματικούς και ανθυπασπιστές είναι η επίπληξη, ο περιορισμός, η κράτηση και η φυλάκιση. Οι καταστατικές πειθαρχικές ποινές που επιβάλλονται στους μόνιμους αξιωματικούς είναι η αργία δια προσκαίρου παύσεως, αργία δι’ απολύσεως και η απόταξη.
Τέλος, σε κάθε περίπτωση, ο στρατιωτικός που του επιβλήθηκε κάποια πειθαρχική ποινή, έχει δικαίωμα εντός ορισμένου χρονικού διαστήματος να προσφύγει κατά της επιβληθείσας πειθαρχικής ποινής.
